转录组重测序
转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mRNA的总和。该研究结果发表在《NatureBiotechnology》上。转录组研究是基因功能及基因结构等研究的基础,通过新一代高通量测序,能够快速的获得某一物种特定组织或在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,已广泛应用于临床诊断、基础研究和研发等领域。
转录组Resequencing针对的是有参考基因组的物种。用新一代高通量测序技术对某物种的特定组织或细胞进行转录组测序,与参考基因组比较,可以得到基因表达差异、可变剪接、融合基因等遗传调控信息。
RNA pull down 检测
RNA pull down:RNA沉淀检测,是检测RNA结合蛋白与其靶RNA之间相互作用的主要实验方法之一。使用体外转录将RNA进行生物素标记,并与细胞蛋白裂解液孵育,形成RNA-蛋白复合物。人体腺病毒已知有33种,分别命名为ad1-ad33,研究详细得是ad2。复合物通过磁珠结合后分离,复合物纯化洗脱后通过Western blot验证检测特性的蛋白。若筛选可能结合的蛋白通过质谱实验进行检测筛选。
3、参数设置
使用488nm激发波长,525nm发射波长,实时或逐时间点检测刺激前后荧光的强弱。DCF的荧光光谱和FITC非常相似,可以用FITC的参数设置检测DCF。DCF的激发光谱和发射光谱参考下图。
4、其它说明
阳性对照可以按照1:1000的比例使用。例如装载好探针的细胞共1毫升,可以加入1微升的阳性对照刺激。microRNA通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或抑制mRNA的翻译,从而在转录后水平调控蛋白表达(新发现miRNA也能在转录水平调控基因表达)。通常刺激后20-30分钟内可以观察到非常显著的活性氧水平升高。对于不同的细胞,活性氧阳性对照的效果可能有较大的差别。如果在刺激后30分钟内观察不到活性氧的升高,可以适当提高活性氧阳性对照的浓度。如果活性氧升高得过快,可以适当降低活性氧阳性对照的浓度。
另外,对于某些细胞,如果发现没有刺激的阴性对照细胞荧光也比较强,可以按照1:2000-1:5000稀释DCFH-DA,使装载探针时DCFH-DA的浓度为2-5微摩尔/升。探针装载的时间也可以根据情况在15-60分钟内适当进行调整。
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